L’Unité Fonctionnelle de Mycologie est subdivisée en deux sous-unités (Mycologie et Immunologie fongique). Elle met en oeuvre les différentes procédures de diagnostic biologique des mycoses : examens directs à frais et après colorations ; isolement et identification de Levures (Candida, Cryptocoques, …) et de Champignons filamenteux (Dermatophytes, Aspergillus, opportunistes, contaminants) ; interprétation de leur implication dans une éventuelle pathologie ; antifongigramme ; détection d'anticorps et d'antigènes fongiques circulants (candidose systémique, cryptococcose et aspergillose).

De plus, les médecins de l’Unité accueillent les patients adressés par les médecins libéraux (dermatologistes, généralistes, …) pour la réalisation de prélèvements de confirmation ou d’élimination de diagnostic de mycoses cutanéo-phanériennes ou muqueuses. Ils sont également sollicités. Les deux principales activités de ce pôle régional de référence portent sur l'épidémiologie des mycoses dites « nosocomiales » (aspergillose pulmonaire invasive, candidoses) et le diagnostic biologique des mycoses cutanéo-phanériennes (levuroses, dermatophytoses, mycoses par Champignons filamenteux opportunistes, …).
L’Unité assure également la surveillance des agents fongiques isolés chez les patients hospitalisés au CHU, en rapport avec le CLIN et le Service d’Hygiène hospitalière.