Le CNRL développe, dans le domaine des Leishmania et des leishmanioses, les différentes missions imparties aux Centres nationaux de référence par la Direction Générale de la Santé et l'Institut de Veille sanitaire :
missions d’expertise, de surveillance, d’alerte et de conseil.

Ses objectifs spécifiques incluent :

- La surveillance des cas autochtones et importés de leishmanioses en France, y compris en Guyane (leishmanioses tégumentaires – cutanées localisées, cutanées diffuses, cutanéo-muqueuses -, leishmanioses viscérales, co-infection leishmaniose /SIDA)

- la caractérisation biochimique et moléculaire des souches de Leishmania reçues ou isolées sur place.

- le maintien de la collection de souches de Leishmania et des isolats reçus.

- le développement des méthodes d’identification moléculaire des Leishmania.